中國核潛艇侵犯日本領海事件，雖然日本政府已經在12日向中國提出了強烈抗議，不過，這次事件以及處理事件的經過，目前正成為日本國內的政治問題，引起廣泛議論。執政自民黨及輿論都爆發了不滿小泉對中國軟弱的情緒。

　從日本防衛廳宣佈一艘國籍不明的核潛艇闖入日本沖繩附近的領海，到12日日本外相町村信孝召見中國駐日本公使程永華提出強烈抗議，事件經過了55個小時。首相小泉純一郎直到12日晚上才對事件表示極為遺憾，但強調要以中日友好大局為重。

　小泉純一郎說，「中日友好非常重要，希望兩國在不讓事件對雙方關係造成不良影響的目標下共同努力。」

　但是，執政自民黨內部對於小泉的談話及處理態度相當不滿，認為他對中國太軟弱。

　自民黨參議院幹事長片山虎之助13日在一個公開演講中說，「三天來，日本已有85％的把握認定核潛艇屬於中國。」「並不是要去吵架，但這關係到國家主權，該說什麼就要說，幹嘛拖延抗議時間？」

　按照國際海洋法，潛水艦進入或經過別國領海，必須打出國旗升上水面。日本防衛廳發現的核潛艇並無國旗，但分析是中國海軍潛艇。

　日本帝京大學教授、前防衛廳北方總督志方俊之說，「除了中國以外，過去蘇聯的潛水艇也曾在東海活動，蘇聯解體後，俄羅斯的軍艦不再到東海了。」他說，北韓沒有製造潛水艇的能力，所以最可疑的就是中國。

　其實，日本官方在12日就已確定該潛艇是中國的，並在公開談話中做了這項確認。

　日本銷量最大的報紙《讀賣新聞》13日的社論說，中國這次侵犯日本領海，是為了台灣有事時，探索牽制美國海軍的行動和日本的軍事能力。

　社論說，中國為了擴大海洋權益，不斷增強海軍的戰鬥力，正在從東海到西太平洋擴大行動範圍，事件關係到日本主權和安全保障，日本政府的這次應對是嚴重失態。 

　《產經新聞》13日說，美國的偵察衛星發現中國的核潛艇從五日開始在東海活動，八日通知日本。

　《產經新聞》的社論說，中國至少應說明這次事件原因和保證今後不再發生。日本這次的應對說明，首相身邊沒有軍事專家，防衛廳沒有足夠的權限。

　大部份日本輿論13日都相信小泉低調處理事件，是因中日首腦關係已不能再惡化。

　日本官方傳媒《日本廣播協會》13日報導指出，這個月四日中國駐日本大使王毅作為新大使禮貌性拜訪小泉時，雙方曾就小泉參拜靖國神社發生了激烈爭執。

　日本外相町村信孝12日在國會外交委員會上回答議員追問中日首腦不通電話、不來往的現象說，小泉參拜靖國神社是主要原因，推翻了日本政府過去說小泉參拜靖國神社不影響中日關係的見解。