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　台灣的軍購案不但攸關台灣的防衛能力，而且也影響到台美關係，美國的亞洲安全問題專家為此提出警訊說，台灣立法院若是不通過這個特別軍購預算，美台關係可能會直線下降，因為台灣的做法讓美國感到臺灣人防衛臺灣之心不如美國人堅定。專家認為，在亞太情勢正產生微妙變化的情況下，值得台灣特別注意。

　自從美國國務卿鮑爾在10月底的中日韓三國行中做出了「臺灣不是獨立的；臺灣不享有國家享有的主權（Taiwan is not independent. It does not enjoy sovereignty as a nation.）」的聲明後，美國學者注意到這項談話在台灣內部所造成的震撼。

　布魯金斯學會（Brookings Institution）東北亞政策研究所所長卜睿哲（Richard Bush）認為，「台灣被鮑爾的講話嚇倒了，他們對布希的連任因此感到喜憂參半，台灣許多學者都預測美國可能會更深地介入台灣問題；陳水扁也開始聽到學者警告的聲音：若想要維護臺灣的利益，你必須要盡力改善美台關係。」

　華盛頓著名智庫藍德公司（Rand Corp.）亞洲安全問題專家柯瑞傑博士（Roger Cliff）則認為，軍購案在未來美台關係的好壞扮演了重要的角色。他說，台灣立法院若是不通過這個特別軍購預算，我想，美台關係可能會直線下降。美國在感到台灣人防衛台灣之心不如美國人堅定的情況下，或許會施壓台灣，與北京和解。

　卜睿哲說，美國可能試探海峽兩岸，看雙方是不是希望美國扮演更積極的角色，此外，布希政府應該會小心地觀察臺灣『修憲（constitutional revision）』的進展。

　美國極右派智庫傳統基金會（The Heritage Foundation）大衛斯國際問題研究所副所長華采爾（Larry. M. Wortzel）則是提供了另一觀點。他說，美國從來不曾對台灣的主權問題置喙，這是不爭的事實，美國只是『認識到』雙方均認為台灣是中國的一部分，但單就台灣的主權來說，美國從未採取什麼立場。

　卜睿哲指出，相對之下，中國的外交政策決策人士期待和布希領導的第二任政府好好合作的。他說，中國的一般大眾和一部分的外交決策人士對布希的外交政策，尤其是他傾向使用武力、崇尚單邊主義和先發制人等等特點，感到十分關切，中國也清楚地知道美國在朝鮮問題上不願妥協的態度，但他認為，整體而言，中國期待好好合作。

　「儘管早先有錢其琛（刊在《中國日報》上批判布希政府）的文章，大陸方面對於布希的連任，應該是高興多過不高興，」卜睿哲分析道，「從中方的觀點來看，美國對台政策的走向是有利於中國的，雖然中國仍然警告美國不要送給臺灣錯誤的資訊。」